Wissenschaftler*in (PostDoc) (m/w/d) / Researcher (m/f/d) – Text Mining for Biodiversity Knowledge

 

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Die Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung mit Hauptsitz in Frankfurt am Main sucht zum nächstmöglichen Zeitpunkt für das Informationszentrum Entomologie des Senckenberg Deutschen Entomologischen Instituts am Standort Müncheberg eine*n

Wissenschaftler*in (PostDoc) (m/w/d) Text Mining für Biodiversitätswissen

(Entomologie und historische Texte)

(Vollzeit / Teilzeit)

Ort: Müncheberg (Brandenburg)

Beschäftigungsumfang: Vollzeit / Teilzeit (mindestens 50%)

Vertragsart: zunächst befristet (3 Jahre)

Vergütung: Tarifvertrag der Länder (TV-L) E13

Die Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung (SGN) wurde 1817 gegründet und zählt zu den wichtigsten Forschungseinrichtungen rund um die biologische Vielfalt. An unseren zwölf Standorten in ganz Deutschland betreiben Wissenschaftler*innen aus über 40 Nationen modernste Forschung auf internationaler Ebene. Das Senckenberg Deutsche Entomologische Institut (SDEI) in Müncheberg (Brandenburg) beherbergt eine der größten Insektensammlungen Deutschlands. Gegründet 1886 betreibt das Institut Grundlagenforschung in Taxonomie, Phylogenie, Ökologie und Biogeographie, um die Vielfalt der Insekten zu dokumentieren und zu verstehen. Das SDEI ist in zwei Abteilungen gegliedert: Das Informationszentrum Entomologie betreut die entomologische Spezialbibliothek, ein Archiv und mehrere entomologische Informationsdienste und ermöglicht den Zugang zu entomologischer Literatur und Daten. Das Institut ist auf dem Campus des Leibniz-Zentrums für Agrarlandschaftsforschung (ZALF) in Müncheberg bei Berlin angesiedelt und in regionale, nationale und internationale (Biodiversitäts-)Forschungsnetzwerke eingebunden.

Ihre Aufgaben

• Entwicklung und Anwendung von Methoden zur Extraktion biodiversitätsrelevanter Informationen (z. B. Taxa, Sammler*innen, Fundorte) aus historischen Textquellen wie Artenbeschreibungen, Etiketten, Typenkatalogen, Archivalien sowie taxonomischer und faunistischer Literatur
• Konzeption und Erprobung von Werkzeugen zur Identifizierung und Verknüpfung zentraler Entitäten (z. B. Artnamen, Personen, Orte), einschließlich Disambiguierung und semantischer Anreicherung in biodiversitäts- und entomologischen Kontexten
• Aufbau und Optimierung von Workflows zur Analyse biodiversitätsrelevanter und entomologische Texte mit Fokus auf funktionale Merkmale (traits), historische Kontexte und geographische Verbreitung in Bezug auf aktuelle Umweltfragen
• Integration der gewonnenen Informationen in Biodiversitätsdateninfrastrukturen (z. B. DiSSCo, GBIF, Disentis Libroscope) unter Beachtung der FAIR-Prinzipien und gängiger Datenstandards (z. B. RDF, Darwin Core)
• Zusammenarbeit mit Fachleuten aus Biodiversitätsforschung, Taxonomie und Sammlung am SDEI und bei Senckenberg zur Abstimmung der Text-Mining-Ansätze mit Digitalisierungsstrategien, Sammlungsentwicklung und Datenmobilisierung
• Entwicklung von Ansätzen und Methoden für eine inklusive Wissensextraktion unter Berücksichtigung von Taxa aus dem Globalen Süden, multilingualen Quellen sowie der Beiträge historisch unterrepräsentierter Personengruppen (z. B. Frauen, marginalisierte Akteur*innen, lokale oder indigene Sammler*innen)
• Förderung von Open Science und Community Engagement durch Veröffentlichung der entwickelten Werkzeuge und Datensätze, Unterstützung von Trainings und Workshops sowie Mitwirkung an Standards in der Biodiversitätstextanalyse
• Veröffentlichung von Forschungsergebnissen in peer-review Fachzeitschriften, Präsentationen auf wissenschaftlichen Konferenzen und Mitwirkung an kooperativen Forschungsanträgen

Ihr Profil

• Abgeschlossenes Masterstudium in Biodiversitätsinformatik, Geoinformatik, Datenwissenschaften (Natural Language Processing), Computerlinguistik, Taxonomie (vorzugsweise Entomologie) oder Ökologie mit ausgeprägten Datenkompetenzen
• Erfahrung im Text Mining wissenschaftlicher und historischer Dokumente, einschließlich OCR-Nachbearbeitung und Parsen von historischen Texten
• Kenntnisse in wissenschaftlicher Programmierung (bevorzugt Python), Versionskontrolle (z. B. Git) sowie in Datenstandards wie RDF und Darwin Core
• Erfahrung im Bereich Named Entity Recognition, semantischer Annotation und Verknüpfung mit externen Ressourcen, z. B. Wikidata, GBIF, GeoNames, ORCID
• Publikationsleistungen entsprechend der Karrierestufe
• Erfahrung in der Mitwirkung an oder Einwerbung von Drittmittelprojekten, dem Erfahrungsstand entsprechend
• Ausgeprägte analytische Fähigkeiten; eigenständiges wie auch kooperatives Arbeiten in einem interdisziplinären Umfeld
• Sehr gute Englischkenntnisse in Wort und Schrift; Bereitschaft zum Erwerb von Deutschkenntnissen wird erwartet und unterstützt

Wünschenswert

• Abgeschlossenes Promotionsstudium in einem der oben genannten Fächer
• Erfahrung im Bereich der internationalen und interdisziplinären Zusammenarbeit mit Forschenden, Kurator*innen und Teams von Dateninfrastrukturen
• Kenntnisse in Taxonomie oder Systematik (vorzugsweise Entomologie) sowie im Umgang mit Biodiversitätsliteratur
• Erfahrung mit der Nutzung von Biodiversitätsdateninfrastrukturen (z. B. GBIF, DiSSCo) und Engagement für FAIR- und Open-Science-Praktiken
• Vorerfahrung im Bereich der Arbeit mit historischen und multilingualen Biodiversitätstexten (z. B. Deutsch, Französisch, Latein, Russisch)

Wir bieten

• eine attraktive Tätigkeit im dynamischen Arbeitsumfeld einer weltweit anerkannten Forschungseinrichtung mit der Möglichkeit, das Forschungsprofil der Abteilung Informationszentrum Entomologie am SDEI aktiv mitzugestalten
• Gelegenheit zum Aufbau eines eigenständigen wissenschaftlichen Profils im Bereich Biodiversitätstextmining und – analyse
• Zugang zu einem internationalen Netzwerk von Wissenschaftlern, politischen Entscheidungsträgern und Forschungsorganisationen mit engen Verbindungen zu Initiativen wie DiSSCo und der Disentis Roadmap sowie zu Expert*innennetzwerken wie CETAF und TDWG
• flexible Arbeitszeiten – mobiles Arbeiten – eine tarifliche Jahressonderzahlung – tariflichen Urlaubsanspruch – betriebliche Altersvorsorge (ZVK)

Senckenberg engagiert sich für Vielfalt. Wir profitieren von den unterschiedlichen Expertisen, Perspektiven und Persönlichkeiten unserer Mitarbeiter*innen und freuen uns über jede Bewerbung qualifizierter Kandidat*innen, unabhängig von Alter, Geschlecht oder geschlechtlicher Identität, ethnischer oder kultureller Herkunft, Religion und Weltanschauung, sexueller Orientierung und Identität oder Behinderung. Frauen sind besonders aufgefordert, sich zu bewerben, da sie im Bereich dieser Position unterrepräsentiert sind; bei gleicher Qualifikation und Eignung werden sie bevorzugt eingestellt. Bewerber*innen mit einer Schwerbehinderung werden bei gleicher Eignung besonders berücksichtigt. Senckenberg unterstützt aktiv die Vereinbarkeit von Beruf und Familie und legt großen Wert auf eine gleichberechtigte und inklusive Kultur der Zusammenarbeit.

Sie möchten sich bewerben?

Dann senden Sie uns Ihre vollständigen und aussagekräftigen Bewerbungsunterlagen (Motivationsschreiben mit kurzer Beschreibung der bereits abgeschlossenen und aktuellen Forschung, Lebenslauf, akademische Zeugnisse, Publikationsliste und, falls vorhanden, Empfehlungsschreiben) in elektronischer Form (als zusammenhängende PDF-Datei) bitte stets unter Angabe der Referenznummer #09-25003 bis zum 17.10.2025 an recruiting@senckenberg.de oder bewerben Sie sich direkt auf unserer Homepage über das Online-Bewerbungsformular  www.senckenberg.de/de/karriere/bewerbung/.

Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung
Senckenberganlage 25
60325 Frankfurt a.M.

E-Mail: recruiting@senckenberg.de

Für fachliche Rückfragen zur Stelle steht Ihnen Frau Dr. Jana Hoffmann unter jana.hoffmann@senckenberg.de sehr gerne zur Verfügung.

Datenschutzrechtliche Hinweise zur Verarbeitung personenbezogener Daten im Rahmen des Bewerbungs- und Auswahlverfahrens entnehmen Sie bitte der Datenschutzerklärung auf unserer Homepage unter https://www.senckenberg.de/de/impressum/

Weitere Informationen über die Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung finden Sie unter www.senckenberg.de.

 

 

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For its Entomology Information Center at the Senckenberg German Entomological Institute (SDEI) in Müncheberg, the Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung headquartered in Frankfurt is seeking to fill the position of a

Researcher (m/f/d) – Text Mining for Biodiversity Knowledge

(Entomology and Legacy Texts)

full-time / part time

Location: Müncheberg (Brandenburg)

Employment scope: full-time / part-time (minimum 50%)

Type of contract: initially limited to 3 years

Remuneration: collective agreement of the German Länder, TV-L E13

Founded in 1817, Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung (SGN) counts among the world’s leading research institutions in the field of biodiversity. At our twelve sites in Germany, scientists from over 40 nations conduct cutting-edge research on an international scale. The Senckenberg German Entomological Institute (SDEI) in Müncheberg (Brandenburg) maintains one of the largest insect collections in Germany. Established in 1886, the institute conducts basic research in taxonomy, phylogenetics, ecology, and biogeography to document and understand insect diversity. SDEI is organized into two departments with distinct roles. The Entomology Information Center manages the Entomological Special Library, an archive, and several entomological information services, and facilitates access to entomological literature and information. SDEI is located on the ZALF (Leibniz Centre for Agricultural Landscape Research) campus in Müncheberg, near Berlin, and is integrated into regional, national, and international (biodiversity) research networks.

Your Tasks

• Develop and apply methods to extract biodiversity-relevant information (e.g. taxa, collectors, locations) from historical text sources such as species descriptions, specimen labels, type catalogues, archival documents, taxonomic and faunistic literature
• Design and test tools to identify and link key entities (e.g. species names, people, places), including disambiguation and semantic enrichment tailored to biodiversity and entomological contexts
• Build and optimize workflows for analyzing biodiversity and entomological texts, focusing on functional traits, historical context, and geographic scope relevant to current environmental challenges
• Integrate extracted information into biodiversity data infrastructures (e.g. DiSSCo, GBIF, Disentis Libroscope), ensuring alignment with FAIR data principles and compatibility with common formats (e.g. RDF, Darwin Core)
• Collaborate with experts in biodiversity, taxonomy, and collections at the SDEI and SGN to align text mining approaches with digitization strategies, collection development, and legacy data mobilization
• Advance inclusive knowledge extraction, with attention to taxa from the Global South, multilingual sources, and the contributions of historically underrecognized individuals (e.g. women and other marginalized contributors, local or Indigenous collectors)
• Promote open science and community engagement by publishing tools and datasets, supporting training and workshops, and contributing to emerging standards in biodiversity text analysis
• Disseminate research results through peer-reviewed publications, academic conferences, and collaborative research proposals

Your Profile

• MSc in biodiversity informatics, geoinformatics, Data Science (Natural Language Processing), computational linguistics, taxonomy (especially entomology), or ecology with strong data skills
• Experience with text mining of scientific and historical documents, including OCR post-processing and parsing of legacy texts
• Proficiency in scientific programming (preferably Python), version control (e.g. Git), and data standards such as RDF and Darwin Core
• Familiarity with named entity recognition, semantic annotation, and linking to external resources such as Wikidata, GBIF, GeoNames, and ORCID
• Peer-reviewed publication record appropriate to career stage
• Experience in acquiring or contributing to third-party funded research projects commensurate with experience
• Strong analytical skills and the ability to work both independently and collaboratively in an interdisciplinary environment, very good communication skills in English; willingness to acquire German language skills is expected and will be encouraged

Desirable skills

• PhD in biodiversity informatics, geoinformatics, Data Science (Natural Language Processing), computational linguistics, taxonomy (especially entomology), or ecology
• International and interdisciplinary collaboration with researchers, curators, and data infrastructure teams
• Taxonomy or systematics (preferably entomology) and practical familiarity with biodiversity literature
• Use of biodiversity data infrastructures (e.g. GBIF, DiSSCo) and commitment to FAIR and Open Science practices
• Handling historical and multilingual biodiversity texts (e.g. in German, French, Latin, or Russian)

We offer

• An attractive job within the inspired and dynamic working environment of an internationally recognized research institution with the opportunity to shape the research profile of the department Entomology Information Center at SDEI
• The opportunity to build a distinctive academic track record in biodiversity text mining and analysis
• Access to an international network of scientists, policymakers and research organizations with close links to major initiatives such as DiSSCo, the Disentis Roadmap, and expert networks including CETAF and TDWG
• Flexible working hours – mobile working options – employee ID card with free admission to Senckenberg museums – annual special payment – collectively agreed vacation entitlement – company pension plan (ZVK)

Senckenberg is committed to diversity. We benefit from the different expertise, perspectives and personalities of our staff and welcome every application from qualified candidates, irrespective of age, gender, ethnic or cultural origin, religion and ideology, sexual orientation and identity or disability. Women are particularly encouraged to apply, as they are underrepresented in the field of this position; in the case of equal qualifications and suitability they will be given preference. Applicants with a severe disability will be given special consideration in case of equal suitability. Senckenberg actively supports the compatibility of work and family and places great emphasis on an equal and inclusive work culture.

How to apply?

Please send your application (letter of motivation with a short description of your previous and current research foci, a CV, certificates of academic achievements, list of publications as well as letter(s) of recommendation, if available) electronically (as a single PDF) to stating the reference #09-25003 by October 17, 2025 or apply online, using the application form on our website www.senckenberg.de/de/karriere/bewerbung/

Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung
Senckenberganlage 25
60325 Frankfurt am Main

E-Mail: recruiting@senckenberg.de

For specific questions about this role, please contact Dr. Jana Hoffmann at jana.hoffmann@senckenberg.de.

For data protection information on the processing of personal data as part of the application and selection process, please refer to the privacy policy on our homepage at https://www.senckenberg.de/en/imprint/

For further information about the Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung please visit www.senckenberg.de